Ci sono due aspetti nella tua domanda, perché la "conversione" da RAW a JPEG non è una cosa semplice: è un processo interpretativo.

Quindi, i tuoi risultati saranno probabilmente significativamente diversi. ImageMagick utilizza solo la rudimentale conversione grezza di dcraw e non sembra darti molto controllo su questo. Lightroom utilizza il convertitore RAW piuttosto sofisticato di Adobe e offre un grande controllo sulle scelte di conversione.

La seconda domanda è se "100% jpeg" significa la stessa cosa in entrambi questi programmi e la risposta lì è "no, non lo fa". Ma, a quel livello, sarei scioccato se qualcuno riuscisse a distinguere visivamente la differenza anche con un'ispezione molto attenta. La dimensione del file può variare, ma non ci saranno differenze veramente significative.